すべてのステージをクリアすると（最短ステップ数でのクリアは不要、銀色のクリアマークでよい。）「証拠」ステージの下に「Memento」ステージが追加されます。
ここには今作で新たに登場したＬＥＤブロックや明暗のステージは無く、また一部に特殊な解法のステージがある以外はシンプルながら難しいステージがそろっています。
クリアしても特にエンディング等は無いのですが、ここまで来たら完全クリアを目指してがんばりましょう。

※　この隠しステージのうち４ステージは、前作「Shizuku」の元作品（？）である「Quell Reflect」に存在した隠しステージです。
「Quell Reflect」では「タイトル画面で扇風機を３回クリックする」と隠しステージに入れたのですが、３ＤＳ版ではクリックする事ができなかったので今作で初登場となります。

Memento（１）

"Cactus"(29)
　１２３４５６７８９101112131415
Ａ□　□　□　□　□　　　　　↓
Ｂ　　↓　　　□あ□い→　　↓　
Ｃ　　　　→　　□　　※　　　　
Ｄ　　　　う↓　□　←※※→　←
Ｅ　↓　え↓　　□　　　　　　↓
Ｆ　　　↑　　　□□　　　①　　
Ｇ※　□　　　□□□　　→　↑　
Ｈ　　□　　　　　□□　□　　　
Ｉ□　□　□　□　□□　□　　□

何度もやってきた、スパイクを避けながら進むステージです。が、流石に今までよりもかなり難しくなっており、２手、３手先まで見ながら考えないと身動きがとれなくなってしまう事もあります。
開始時の配置を見れば「え」が最後になる事は分かります。あとはどのように他を回収するかが問題です。
隠しジュエルはＢ９の壁にあります。

解法：左下右下左　下上右上右　下右左上左　下右上右下　右下左下右　下上左下

"Sorry"(13)
　１２３４５６７８９101112131415
Ａ・・・・□・・・あ・・・・・・
Ｂ・・・・・・・□・い□・・・・
Ｃ・・・・・・・・□・・・う・・
Ｄ・え・・・・・おか・・・□・き
Ｅ・・□・・・・①・・・く・け・
Ｆ・・・・・・・・・・・□・・・
Ｇ・・・□・・・・・・・・こ・・
Ｈ・・・・・・・・・□・・・・・

ほぼ全体がクローズゲートで埋めつくされています。
こういうステージは考えても思わぬところで詰まったりするので、適当にやったほうが早いかもしれません。でもそんな事をしていると解き方を忘れてしまったりするのですが・・・
隠しジュエルはＣ４のクローズゲートを閉じると取ることができます。

解法：右上左下左　下左上左下　右下右

"Ménage"(34)
　１２３４５６７８９101112
Ａ□□□□　□□□　□　□
Ｂ□あい■　□□□　　　□
Ｃ□うえ□　□□□　□□□
Ｄ□□□□　①　□　②□□
Ｅ□オ　□　　　　　③□□
Ｆ　　　□　□□□♂□　　
Ｇ□□□□　□□□　□　□

このステージは「動いている雫とブロックを、別の雫で止める」という操作が必要になります。このようなステージは前作にはいくつかあったのですが、今回の通常ステージには登場しませんでした。解法の手順はすべて、雫がくっつかないようタイミングを見て動かしましょう。
隠しジュエルはＢ８の壁にあります。

解法：②左下　③上左（②がＢ９、「♂」がＣ９、③がＤ９で止まる）　②右上右上左　下左下　①下右　③上　①上左（①がＤ９、「♂」がＥ９、③がＦ９で止まる）右下　②左下右　①左上右　②下左上左下　①左（②がＢ５、「♂」がＣ５、①がＤ５で止まる）　②左下右

ところで前作でもそうでしたが、こういうステージは強引に動かすことによって最短ステップ数より少ない手数でクリアできる場合があります。（この場合、隠しアチーブメント「Better than us」を獲得できます。）
このステージでは具体的に、１２手目の②左下　③上左　②右上右上左　下左下　までは同じで、その後　③右　②左上　③左（③がＤ９、「♂」がＥ９、②がＦ９で止まる）右下左　としてから②を上下いずれかに動かし、③右（ループしている②に③をぶつけるように動かす）とします。うまくいくと次の図のような状態になります。この図で③は金色になっています。

　１２３４５６７８９101112
Ａ□□□□　□□□　□　□
Ｂ□あい■　□□□　　　□
Ｃ□うえ□　□□□　□□□
Ｄ□□□□　①　□　　□□
Ｅ□　　□♂　　　　③□□
Ｆ　　　□　□□□　□　　
Ｇ□□□□　□□□　□　□


あとは①右　③左上左下　①左　とすれば最後は同じです。これで３０手でのクリアとなります。

"A Different Perspective"(31)
　１２３４５６７８９1011121314
Ａ　□　あ　　｜　　□　　　□
Ｂ□い♂　○　｜　　　　○　　
Ｃ　□　□　　｜・　　　　　　
Ｄ――――――｜　□　①　　　
Ｅ――――――｜　　　　↑　　
Ｆ　・・・　　｜□　◎　　　　
Ｇ　　　◎　・｜　　　　　□　
Ｈ・　♀　・　｜　・　□　　　

これはかなり難しいです。ぱっと見でも左下のあたりになんとなく怪しいものを感じるのではないでしょうか。
「い」を取ると動けなくなってしまうので、先に「あ」を取らなければならないのですが、そこまでもさる事ながら「♀」を運んでくるのがかなり大変です。これがすんなり解けたという人は相当なものだと思います。
隠しジュエルはＡ１０の壁にあります。

解法：上右上右上　左上右上左　上左右上右　上左下右下　右上右上左　上左上左下　左